تعتمد منهجية عمل مركز التعاون الدولي على مبدأ تمرير المعرفة ذات العلاقة لمواجهة تحديات التطوير لدول عديدة. يحدث ذلك من خلال تطوير المورد البشري وتشجيع المهنيين في الدول النامية على إيجاد الحلول لمشاكل التطوير في بلادهم وملاءمتها للواقع والاحتياجات التي تميز بلدهم. يطمح مركز التعاون الدولي للانخراط في برامج التطوير للدول التي تستعين به وملاءمة نشاطه معها.
يدير مركز التعاون الدولي منظومة إرشاد في مواضيع متنوعة في البلاد وفي الخارج. تعقد دورات الإرشاد بواسطة فروع مهنية تتبع لمركز التعاون الدولي من خلال التعاون الوثيق مع الوزارات الحكومية ذات العلاقة في إسرائيل (خصوصا وزارة الزراعة وأيضا وزارات الصحة والتربية والاتصالات والمالية والصناعة والتجارة والبنى التحتية). يشارك المختصون من هذه الوزارات بشكل دائم في جميع نشاطات الإرشاد الجارية في إسرائيل وخارجها. تعمل إلى جانب مركز التعاون الدولي شركة حكومية تُدعى "هائيغود- شركة لنقل التكنولوجيا" والتي توفر البنى التحتية المُركبة التي تمكن مركز التعاون الدولي من تحقيق أهدافه. مراكز الإرشاد الرئيسية لمركز التعاون الدولي في البلاد هي: "كرمل"- المركز الدولي للتأهيل على اسم غولدا مئير في حيفا، سيندكو (CINADCO) – مركز التعاون والإرشاد الزراعي الدولي التابع لوزارة الزراعة في بيت- دجان، ومركز الإرشاد الدولي على اسم أهرون عوفري في رمات راحيل في أورشليم القدس.
تُقام نشاطات الإرشاد أيضا بالتعاون مع مراكز أكاديمية مختلفة في إسرائيل: كلية الزارعة في الجامعة العبرية بأورشليم القدس، مركز فايتس لدراسات التطوير في رحوفوت، بيت بيرل، معهد فولكاني، كلية الطب على اسم ساكلر في جامعة تل- أبيب، جامعة بن غوريون في النقب والتخنيون وأيضا مع المستشفيات: "هداسا"- عين كارم بأورشليم القدس، رامبام بحيفا، كابلن بمدينة رحوفوت والمزيد. كما تقيم منظمات غير حكومية مثل: مركز النقب لدراسات السلام والتطوير، مركز بيرس للسلام، معهد التصدير والمزيد تقيم نشاطات إرشادية بالتعاون مع مركز التعاون الدولي.
بالإضافة إلى ذلك يُنظم مركز التعاون الدولي في البلاد دورات وورشات وجولات تعليمية متميزة يتم إعدادها والتخطيط لها وفق توصية ومتطلبات مجموعات مهنية من مناطق مختلفة من العالم.
يدير مركز التعاون الدولي خارج البلاد دورات متنقلة تُعقد في دول عديدة حول العالم، وذلك بناء على الطلبات الخاصة للدول ذاتها في باقة متنوعة من المواضيع يتم التخطيط لها وتنفيذها بالتعاون مع الجهات المحلية والمهنيين الإسرائيليين. كما تُنفذ في مناطق مختلفة نشاطات مثل إقامة وإدارة مزارع نموذجية، غرف للعلاج المكثف، وحدات للأطفال الحديثي الولادة، والمبادرات في المصالح الصغيرة، وذلك بمرافقة مختصين إسرائيليين يسافرون في بعثات استشارية قصيرة أو طويلة الأمد تشمل أيضا نشاطات توضيحية.
بروح التوجه السائد في العالم في أياما هذه والذي يطمح إلى تحقيق المزيد من التآزر والتنسيق بين جهات تقديم العون، ومن أجل تحقيق أعلى قدر من التنسيق والنجاعة في العمل، يعمل مركز التعاون الدولي من أجل بلورة شراكات دولية. دَعَم مركز التعاون الدولي وما زال يدعم برامج للتعاون مع جهات دعم دولية مثل: الوكالة الأمريكية للتنمية الدولية USAID، منظمة المساعدة الدانمركية، منظمة المساعدة اليابانية- JICA، منظمات المساعدة الألمانية، منظمة المساعدة التابعة للفاتيكان- COR UNUM، وكالات الأمم المتحدة، منظمات حكومية وغير حكومية، منظمات يهودية (وخاصة الجوينت)، المكتب الهولندي للتعاون الدولي والمزيد. على عكس الكثير من وكالات المساعدة المختلفة، تُقدم المساعدات الإسرائيلية بدون أي شروط، الأمر الذي جعل مركز التعاون الدولي شريكا مُرحبا به في دفع البرامج الدولية المختلفة.