اخلت الموانئ القديمة الثلاثة في يافا، قيسارية وعكا مكانها لثلاثة موانئ حديثة وعميقة المياه في حيفا وإيلات واشدود، تخدم الملاحة الدولية. ويعتبر ميناء حيفا الآن أحد أكبر موانئ الحاويات على ساحل المتوسط، إلى جانب كونه ميناء نشط لنقل الركاب. ويستخدم ميناء اشدود بدرجة رئيسية لنقل البضائع، في حين يربط ميناء ايلات، الواقع على ساحل البحر الأحمر، اسرائيل بالنصف الجنوبي للكرة الأرضية وبالشرق الأقصى. إضافة إلى ذلك يستقبل ميناء أشكلون سفنًا محملة بالوقود؛ وتعمل في ميناء الخضيرة محطة لتفريغ حمولات الفحم المخصصة لمحطة توليد الطاقة الكهربائية المجاورة.
وأعدت سلطة الموانئ والسكك الحديدية خطة شاملة طويلة الأمد لمواجهة متطلبات النقل المستقبلية، إدراكاً منها بأن الموقع الجغرافي المتميز لإسرائيل يرشحها لأن تكون دولة هامة لمرور المسافرين والبضائع في تنقلاتهم بين مختلف أنحاء المنطقة. وتتضمن الخطة تطوير شبكة قطارات حديثة، تستخدم أكثر التجهيزات تطوّراً في مختلف مراحل النقل براً وبحراً، وإنشاء شبكة من الحواسيب للإشراف على كافة خدماتها ومراقبتها